在為儀器行業開發企業網站時，北京的網站建設公司可能會面臨以下五大挑戰：

1. 行業專業性強：儀器行業具有較高的專業性和技術性，因此在網站建設時需要充分理解行業術語、產品特性以及行業標準。網站內容必須精確反映儀器的技術參數和應用領域，這就要求設計團隊具備一定的行業知識或者與客戶進行深入的溝通，以確保信息的準確性和專業性。

2. 用戶體驗設計：儀器行業的目標客戶通常是專業人士或企業，他們對于信息的獲取有著更為明確和具體的需求。因此，網站的用戶體驗設計需要簡潔明了，便于用戶快速找到所需信息。同時，網站的交互設計應當考慮到專業人士的操作習慣，確保網站的使用流暢性和效率。

3. 移動端適配：隨著移動互聯網的普及，越來越多的用戶通過移動設備訪問網站。儀器企業網站同樣需要良好的移動端適配，以便用戶在不同設備上都能獲得良好的訪問體驗。這就要求網站設計要響應式，能夠自適應不同分辨率和屏幕尺寸。

4. 搜索引擎優化（SEO）：為了提高儀器企業網站在搜索引擎中的可見度，需要進行有效的SEO優化。這包括選取合適的關鍵詞、優化網站結構、提升頁面加載速度、發布高質量內容等多方面工作。SEO優化是一個長期且持續的過程，需要網站建設公司有足夠的專業知識和經驗。

5. 安全性問題：儀器企業網站可能涉及到產品訂單、客戶數據等敏感信息，因此網站的安全性至關重要。網站建設公司需要采取多種措施保護網站免受黑客攻擊和數據泄露，如使用HTTPS加密協議、定期更新系統和軟件、設置防火墻等。

總之，北京網站建設公司在為儀器行業開發企業網站時，必須克服以上挑戰，才能為客戶提供一個既專業又高效、安全且用戶友好的在線平臺。